W ludzkim przewodzie pokarmowym bytuje olbrzymia ilość drobnoustrojów. Ponad 90% z nich, oznaczonych za pomocą sekwencjonowania 16sRNA nie może być oznaczonych drogą posiewu.
W 2005 roku GenBank utworzył bazę zawierającą 1822 sekwencje rybosomalnego DNA bakteryjnego (16sRNA) z ludzkiego jelita, z czego 92,7% pochodzio od mikroorganizmów których nie umiemy wyhodować.
Z tego względu posiewy kału jako metoda poznania mikroflory przewodu pokarmowego ma liczne ograniczenia. Uważa się, że posiewy kału odzwierciedlają mikroflorę, zwłaszcza okrężnicy zstępującej i odbycie. Nie odzwierciedlają one z kolei dokładnie mikroflory jelita ślepego oraz dystalnej części jelita cienkiego. Flora przewodu pokarmowego składa się praktycznie w całości z bezwzględnych beztlenowców. Z tego względy właściwa metoda hodowli umożliwiająca ocenę flory feralnej wymaga metod beztlenowych i szybkiego postępowania.
Posiew kału stanowi ograniczoną wskazówkę dla oceny konieczności zastosowania probiotykoterapii. Posiew kału nie jest adekwatny dla oceny kolonizacji jelita przez probiotyk i z tego względu pełni ograniczoną rolę w wyborze odpowiedniego probiotyku. W jelitach bytuje niezliczona ilość drobnoustrojów. Z określonych 800 gatunków, jedynie 30 – 40 stanowi 9% całej mikroflory. Bezwzględne beztlenowce, takie jak Bacteroides, Bifidobacterium i Clostridium stanowią większość. W środkowym segmencie znajdują się gatunki z rodzaju Lactobacillus, natomiast Enterobacteriaceae, Staphylococcus, Enterococcus, koliformy, drożdżaki i pleśnie występują w mniejszej ilości.
Dr n. biol. med. Patrycja Szachta
Stopień doktora nauk biologicznych uzyskała w trakcie studiów doktoranckich w Klinice Gastroenterologii Dziecięcej i Chorób Metabolicznych Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu.
Autorka licznych publikacji medycznych w czasopismach polskich i zagranicznych oraz rozdziałów w monografiach naukowych. Dyrektor ds. naukowych w Centrum Medycznym Vitaimmun. Posiada wieloletnie praktyczne i teoretyczne doświadczenie z zakresu utajonych nadwrażliwości pokarmowych oraz zaburzeń mikroflory jelitowej.
Pełna publikacja dostępna poniżej:
Oznaczanie liczebności bakterii z rodzaju Lactobacillus spp. w wymazach z odbytu
